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納米顆粒形狀也會影響其被細胞攝入的能力。用納米金包裹的蛋白進行的研究表明，球形納米顆粒比棒狀的納米顆粒更有效地被細胞吸收[58]。對球形和橢圓形的PLGA納米粒子進行的比較研究表明，橢圓形粒子被細胞內吞作用的速度更慢 [59]。
納米粒子的表面電荷對于細胞吸收也很重要，因為表面電荷會決定納米粒子是否會在血液中聚集，與帶相反電荷的細胞粘附或相互作用。納米粒子的表面電荷可能會影響與細胞的相互作用和吸收，而中性電荷可以防止與細胞間不必要的相互作用[30]。值得注意的是，與中性或負電荷納米粒子比較而言，正電荷對細胞的吸收速度具有促進作用[60]。
納米粒子的組份也會影響其生物利用度。殼聚糖（Chitosani is a polysaccharide obtained from deacetylation of chitin found in exoskeleton of shellfish）是從貝類的外骨骼發現的一種脫乙?；讱に囟嗵?，是一種可生物降解的聚合物，在基因傳遞系統中具有潛在的應用價值。用殼聚糖-DNA納米顆粒與細胞的相互作用研究表明這種可生物降解的納米顆粒在體內能很快被清除掉[61]。基于聚乙二醇（PEG）的非生物降解顆粒修飾的金納米棒能夠在體內聚集并延長其作用時間[62]。為了延長納米顆粒在體內的持久性，可以在納米顆粒的表面加入親水性聚合物（如PEG）進行修飾。有報道，通過這種方法，可以提高納米顆粒的長期的全身生物利用度。在納米粒子表面加上PEG能夠延長其在血液中的持續時間[63]。在納米粒子表面加入PEG還能減少納米粒子與消化酶的相互作用[64]。研究表明，PEG不僅可增加納米粒子的生物利用度，還可加強對免疫細胞對納米粒子的攝入。